（一）分公司
福建省三明市公共交通有限公司下屬分公司7個：第一營運分公司、第二營運分公司、第三營運分公司、快運分公司、旅游分公司、出租汽車分公司、汽車保修分公司。
福建閩通長運股份有限公司下屬分公司14個：三明客運分公司、三明客運二分公司；永安客運一分公司、永安客運二分公司；寧化分公司、寧化分公司汽車保修廠；大田分公司、沙縣分公司、明溪分公司、清流分公司、尤溪分公司、將樂分公司、建寧分公司、泰寧分公司。
（二）汽車站
福建閩通長運股份有限公司下屬汽車站24個：三明長途汽車客運站、三明汽車北站、三明汽車南站；永安長途汽車客運站、小陶汽車站；寧化汽車站、寧化治平畬族鄉客運站、寧化安遠鎮客運站、寧化淮土鄉客運站、寧化泉上鎮客運站；大田汽車站、大田縣建設汽車站、上京汽車站、大田汽車站石牌代辦站；沙縣汽車站、明溪汽車站、清流汽車站、尤溪汽車站、尤溪汽車西站、將樂汽車站、建寧汽車站、建寧武調車站、泰寧汽車站、泰寧汽車西站。
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