目前，集團公司設有分支機構45個，其中：分公司21個、車站24個。擁有全資子公司23個、控股公司4個、參股公司9個。具體情況如下：

一、分支機構（45個）

（一）分公司

福建省三明市公共交通有限公司下屬分公司7個：第一營運分公司、第二營運分公司、第三營運分公司、快運分公司、旅游分公司、出租汽車分公司、汽車保修分公司。

福建閩通長運股份有限公司下屬分公司14個：三明客運分公司、三明客運二分公司；永安客運一分公司、永安客運二分公司；寧化分公司、寧化分公司汽車保修廠；大田分公司、沙縣分公司、明溪分公司、清流分公司、尤溪分公司、將樂分公司、建寧分公司、泰寧分公司。

（二）汽車站

福建閩通長運股份有限公司下屬汽車站24個：三明長途汽車客運站、三明汽車北站、三明汽車南站；永安長途汽車客運站、小陶汽車站；寧化汽車站、寧化治平畬族鄉客運站、寧化安遠鎮客運站、寧化淮土鄉客運站、寧化泉上鎮客運站；大田汽車站、大田縣建設汽車站、上京汽車站、大田汽車站石牌代辦站；沙縣汽車站、明溪汽車站、清流汽車站、尤溪汽車站、尤溪汽車西站、將樂汽車站、建寧汽車站、建寧武調車站、泰寧汽車站、泰寧汽車西站

二、全資子公司（23個）

1.福建省三明市公共交通有限公司

2.三明市同城快速公共交通有限公司

3.三明市金沙公交客運有限公司

4.將樂縣公共交通客運有限公司

5.明溪縣公共交通有限公司

6.建寧縣公共交通有限公司

7.寧化縣公共交通有限公司

8.沙縣閩通公共交通有限公司

9.尤溪閩通公共交通有限公司

10.泰寧閩通公共交通有限公司

11.大田縣閩通公共交通有限公司

12.清流縣閩通公共交通有限公司

13.永安市閩運城鎮公交有限公司

14.三明交運汽車貿易有限公司

15.三明交運信息科技有限公司

16.三明交運汽車網約出租有限公司

17.三明市閩通汽車租賃服務有限公司

18.三明市閩通物流有限公司

19.三明順通機動車安全技術檢測有限公司

20.永安市萬通機動車安全檢測有限責任公司

21.三明公交悠騎自行車運營服務有限公司

22.三明市鑫業勞動服務有限公司

23.福建永安易通物流有限公司

三、控股公司（4個）

1.福建閩通長運股份有限公司

2.三明交通一卡通有限責任公司

3.永安市南區客運站有限公司

4.福建省三明云通新能源投資發展有限公司

四、參股公司（9個）

1.三明訊達新能源汽車城市運營有限公司

2.福州三明大廈有限公司

3.三明市中油汽運油品銷售有限公司

4.福建三明國能投資有限公司

5.三明福汽閩通汽車租賃有限公司

6.泰寧大金湖汽車運輸有限公司

7.福建尤溪閩通物流有限公司

8.尤溪閩中旅游集散中心有限公司

9.廈門特運集團有限公司